Как сделать параметр веб сервиса с типом Справочник ссылка Номенклатура?
На выбор даются только простые типы: дата, число, строка, булево и т.д...

засунь уид в строку(36)

А нормального способа нет? Чтобы пришедшие данные из этого параметра система сама распознала как нужные, а не как строку.

значит описывай объект полностью

кури xdto, можно всю конфу вообще в схему выгрузить

Что-то не вижу. В пакет XDTO тоже добавляются свойства с типами которые выбираются из того же списка простых типов.

В свойствах веб сервиса надо выбрать пакет XDTO - http://v8.1c.ru/8.1/data/enterprise/current-config После этого в параметрах будут доступны все метаданные текущей конфигурации

(6) но обычно этот путь жуткий геморрой и проще самому описать пакет с нужными реквизитами.

(6) сделал так, очень просто.
(7) в чем заключается геморрой? Пару раз мышкой тыкнул, и все встало как надо.