Как лучше перенести остатки товаров из ут 11 в такую же, имею в виду регистры накопления "Товары организации", "Товары на складах", "Свободные остатки". А также регистр накопления "Расчет себестоимости товаров" для того чтобы были данные считать себестоимость.

экселем

Так там свёртка есть. Быть может свернуть и универсальный обмен xml

(2) А где свёртка есть? тогда сверну и универсальным обменом обменяюсь

да даже сворачиать не надо, достаточно сформировать документы ввода начальных остатков на дату свертки и только их перенести. сворачивать полностью долго, если база большая

(4) А как сформировать документы ввода начальных остатков, вручную?

обработкой свертки

1. Свернуть базу обработкой с диска ИТС (СверткаБазы, кажется)
2. Выгрузить базу обработкой с диска ИТС (ВыгрузкаЗагрузкаДанныхВФорматеXML)

Обработки надо будет запускать из обычного приложения.