Я как то упустил этот момент - там при обновлении было соответствие проставлено или народ вручную откуда то грузил?
Сейчас просматривая справочник обнаружил значительные расхождения с минфиновским файлом.
Если есть еще те кто ЗИК использует, как у вас с этим обновлением?

всё вручную

ясно. печаль. будем править.

А что именно нужно делать вручную? В справочнике коды территорий заполнила ОКТМО а что еще ?

(3) проверить корректность )
в моем случае есть проблемы..

(4) А в чем выразились проблемы, что именно смотреть?

у меня отсутствует часть муниципальных образований внутри городского округа, у некоторых территорий ОКТМО отсутствует.
городского округа как такового тоже нет, только сам город. налоговая рекомендует использовать ОКТМО округа, которого как раз и нет.

(6) Как все сложно! :)

(6) Не нужно путать мнение налоговой и мнение их неопытных сотрудников.