Строю простейший отчет на базе универсального.
С таким запросом:
ВЫБРАТЬ РАЗРЕШЕННЫЕ
    ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.Номенклатура КАК Номенклатура,
    НачалоПериода(ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.Период, Месяц) КАК ПериодМесяц,
    Сумма(ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.КоличествоКонечныйОстаток) КАК Остаток
ИЗ
    РегистрНакопления.ТоварыНаСкладах.ОстаткиИОбороты(&ДатаНач,&ДатаКон,Месяц) КАК ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты
СГРУППИРОВАТЬ ПО
    ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.Номенклатура,
    ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.Период

{ВЫБРАТЬ
    Номенклатура.*,
    ПериодМесяц,
    Остаток
}
{УПОРЯДОЧИТЬ ПО
    Номенклатура.*,
    ПериодМесяц
}
{ГДЕ
    ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.Номенклатура.*,
    НачалоПериода(ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.Период, Месяц) КАК ПериодМесяц,
    Сумма(ТоварыНаСкладахОстаткиИОбороты.КоличествоКонечныйОстаток) КАК Остаток
}
{ИТОГИ ПО
    Номенклатура.*,
    ПериодМесяц
}

В результате в отчет выводится, в том числе, номенклатура с нулевыми остатками во всех периодах. Пожалуйста, объясните, что делаю не правильно.

Проверил запрос в консоле, все работает. С датам не напутано случайно?

Не напутано.