ЗУП, обновлен до последнего релиза. Есть ли в нем какой-нибудь отчет, из которого можно получить сведения о сотрудниках, работающих на время декретного отпуска, и вместо кого они работают?

А Вы когда сотрудника принимаете или переводите где-то указываете вместо кого он работает? И указываете где находится тот, вместо кого новый работает?

(1) В стандартом ЗУП есть такой функционал? Если есть, будут заносить без проблем.

(2) вам же четко сказали не именуются штатные единицы. хотите пишите в комментариях

(2) О том я и говорил. Если некуда заносить информацию, то и отчетов нет.