Есть *.bat файл, в нем команда
"C:\Program Files\1cv82\8.2.18.61\bin\1cv8.exe" config /S [ИмяБазы] /N"" /P"" /DisableStartupMessages /UpdateDBCfg
Но обновление не происходит, если имело место изменение структуры БД
Есть ли возможность в этом файле прописать принуд. завершение сеансов?

(0)[Есть ли возможность в этом файле прописать принуд. завершение сеансов?]
не вижу препятствий

Книга знаний: v8: Выгонялка пользователей для 1С 7.7, 8.0, 8.1

(1) мож, у него батник кем-то занят

Сеансы завершаются при перезагрузке сервера, но  до момента выпполнения команды, к базе цепляются фоновые задания

То есть нужно заблокировать сеансы и регл. задания до момента выполнения команды

(4) Настрой график запуска регламентов таким образом, чтобы в определенное время не запускались.