Обмен между базами на сервере происходит под Debian 6.0.4. Файлы обмена сохраняются там же. При загрузке из файла обмена возникает сабж. Вот что говорит линуксовый unzip:
root@srv1c:/home/usr1cv82/exchange# unzip -t Message_001_002.zip
Archive:  Message_001_002.zip
Файл обмена данными
v8_YV0lAe_5e.xml:  mismatching "local" filename (v8_YV0lAe_5f.xml),
        continuing with "central" filename version
   testing: v8_YV0lAe_5e.xml         OK
At least one warning-error was detected in Message_001_002.zip.
root@srv1c:/home/usr1cv82/exchange# unzip -t Message_002_001.zip
Archive:  Message_002_001.zip
Файл обмена данными
   testing: v8_sFxC8h_1c.xml         OK
No errors detected in compressed data of Message_002_001.zip.
root@srv1c:/home/usr1cv82/exchange# unzip -l Message_001_002.zip
Archive:  Message_001_002.zip
Файл обмена данными
 Length      Date    Time    Name
---------  ---------- -----   ----
    4081  2012-11-30 10:03   v8_YV0lAe_5e.xml
---------                     -------
    4081                     1 file
root@srv1c:/home/usr1cv82/exchange# unzip Message_001_002.zip
Archive:  Message_001_002.zip
Файл обмена данными
v8_YV0lAe_5e.xml:  mismatching "local" filename (v8_YV0lAe_5f.xml),
        continuing with "central" filename version
 inflating: v8_YV0lAe_5e.xml
root@srv1c:/home/usr1cv82/exchange# ll
итого 12
-rw-r--r-- 1 usr1cv82 grp1cv82 1406 Ноя 30 10:03 Message_001_002.zip
-rw-r--r-- 1 usr1cv82 grp1cv82  478 Ноя 30 10:03 Message_002_001.zip
-rw-r----- 1 root     root      518 Ноя 30 10:03 v8_YV0lAe_5e.xml

Я попробовал 2 варианта:
1. Если отключить архивацию в МУО_Основной.ПолучитьБазовуюСтруктуруПараметровОбмена(), то обмен идет нормально через xml.
2. Если смонтировать виндовую шару и указать ее как папку обмена (напр. /mnt/exchange), то обмен идет нормально и с архивацией.

Не могу понять что это за месседж-еррор: mismatching "local" filename. Какие будут мысли?

Папка смонтирована и вручную разархивируется?

Не пишет ли он поверх существующего файла? В линухе регистр в имени файла имеет значение. Что ещё находится в той папке, куда распаковывается архив?

Вручную, как можно разглядеть выше, он разархивируется, хоть и с матюгом. Поверх или нет - я хз, сам МУО я не ковырял, но тем не менее, если не паковать - обмен идет, и если паковать - обмен тоже идет, но файлы нужно складывать на виндовой машине в сети. В папке больше ничего, только 2 файла обмена.
Смущает лишь вот это:
v8_YV0lAe_5e.xml:  mismatching "local" filename (v8_YV0lAe_5f.xml)
Архив с этим файлом и не может открыть 1С, причем имена файлов в сообщении разные.

какие параметры унзипа в дебе?

Не понял. Где их просмотреть?