В документе у номенклатуры указана розничная цена продажи 100р, как и из-за чего формируются проводки Д90.02.2 К41.11 Сумма 99,56 руб, Д41.11 К42.01 Сумма 44коп и Д90.02.2 К41.11 Сумма 44коп, вместо одной проводки Д90.02.2 К41.11 Сумма 100 р

использование торговой наценки (счет 42) у вас включено

(1) да

(2) ну выключите.

(2) Что непонятно? На 41.11 товар числится по 99.56, а продаете за 100. Наценка 44 коп выделяется на 42.01

в том то и дело что товар должен числится по 100 а не по 99.56

после такой проводки увеличивается сальдо на конец периода по 41 счету становится больше на 44 копейки

и средняя цена за единицу увеличивается

(6),(7) ничего подобного! конечное сальдо остается прежним, а средняя цена делается не больше, а как раз ПРАВИЛЬНАЯ средняя.