Как сделать, чтобы при выгрузке данных выгружались сами объекты, а квитанция о принятых ранее данных не выгружалась ?

имхо - никак

новая регистрация перебьет квиток

квиток я как понимаю в самом конце файла пишется?

нет, квиток - это сам файл. точнее, номер полученного сообщения - находится в начале файла (и его можно установить в узле плана обмена - есть обработки)
в принципе, можно изменять номер полученного так, чтобы вторая сторона считала что ее сообщение еще не доставлено.

а в чем смысл такой выгрузки?

Нужно сделать базу,
в которую заливаются данные из другой базы, а обратно данные не выгружались (выгружался только квиток о принятом сообщении, чтобы файл обмена не пух).
Но регистрацию изменений нужно хранить, т.к. иногда (не регулярно) эти изменения необходимо будет перекачивать в другую базу..Вот для чего :)

если схема такая:
А -> Б (здесь копим, обратно в А только квиток) -> В (сюда иногда выгружаем)

то ее можно реализовать либо ручным снятием регистрации изменений перед обменом Б -> А.
Тогда из Б в А пойдет только квиток, а зарегистрированные изменения для В останутся

Также это можно реализовать изменением плана обмена

(6)
а как зарегистрированные изменения останутся, если мы будем снимать регистрацию перед выгрузкой ?

А не проще делать обмен в  одну сторону А->Б, а когда надо - делать совсем по другому плану обмена обмен Б->А.

Либо запускать на базе Б периодически обработку, которая для указанного узла зарегистрирует изменения (можно указать вплоть до метаданных, что будем регистрировать)

(8) если делать в одну сторону постоянно файл выгрузки будет расти...

(9) ну пусть растет. Таблица регистрации изменений в 15 раз тормознее этого файла. Если вы уж ее решили оставить и наращивать в бешеном темпе, то какой-то там детский рост файлика - это фигня.

В смысле "Таблица регистрации изменений в 15 раз тормознее этого файла" ?