в отчете ведомость товаров по складам конечный остаток правильно выводит и показывает все документы движения, а в отчете по организациям -конеч остаток выводит не правильно и не выводит документ возврат поставщику (это кол-во и не учитывается) почему? в чем причина?

На нупример потому что купили на одну организацию, а возвращаете от другой

исключается,перенос остатков был на одну и ту же организацию и с этой же орг возврат делаем

(2) Возвраты движения по регистру остатки товаров организаций вообще сделал?

(0) добавь группировку Документ движения (регистратор).Организация в ведомость товаров по складам.

группировка есть регистратор.
(3)возврат движения по регистру остатков?конкретнее что это? документы возврата товара сделал.

(5) в настройках отчета сделай как в (4)

все выводит кроме документа возврата поставщика

Ведомость по товарам организаций вариант отчета Остатки товаров организации-не выводит документ возврата поставщику

и регистратор стоит документы реализации поступления возврата клиента есть, а поставщику нет