Надо найти первого родителя для элемента с заполненным реквизитом, либо использовать сам элемент если этот реквизит у него заполнен.

первого с какой стороны?

(1) снизу

взаимоисключающие параграфы детектед

(2)
Если Не ЗначениеЗаполнено(Элемент.Реквизит)
   Нужное=РекурсивнаяФункцияПолученияРодителя(Элемент);
Иначе
  //юзаем сам элемент
КонецЕсли;

(4) спасибо. Но хотелось бы запросом

В запросе -- только если точно известно количество уровней вложенности справочника.
Для произвольного количество уровней вложенности запросом получить нельзя

ВЫБРАТЬ
Выбор Когда
ВидНоменклатуры =Значение (Справочник.ВидыНоменклатуры.ПустаяСсылка)  Тогда
Ссылка
Иначе
 Ссылка.родитель
Конец КАК Ссылка
   
ИЗ
Справочник.Номенклатура
Сгруппировать ПО  Ссылка

с постобработкой?

(5) если нет ограничения на уровень вложенности или оно слишком велико - это не представляется возможным.