Введен отпуск и рассчитан, далее сотрудник приносит больничный с той же даты, с которой начался отпуск. Как провести кадровый документ неявки?

Если ввести хотя со следующей даты после начала отпуска, то проводится, а если с той же, то сообщение, что уже зарегистрирован отпуск

а какая в данном случае у вас неявка?

Неявка болеет

Документ неявки и болезни

Может в кадрах надо просто отменить введенный отпуск, а потом после выхода с больничного отпуск ввести.
Расчетные документы оставить как есть, продлить отпуск и сторнировать сумму?

нет отпуск отменяется приказом в связи с болезнью и после болезни делается приказ на новый отпуск. В программе если период не закрыт отпуск просто помечают на удаление и удаляют в кадровом приказе. если период закрыт исправляется кадровый приказ а расчет отпускных сторнируется.

(6) акстись, ты где такое вычитал?

(5) человек в отпуске, так с какого лысого он должен был явиться?

(0) никакие неявки оформлять не нужно и сторнировать, помечать на удаление и прочие танцы с бубнами делать не нужно
Просто вводится больничный, который в свою очередь вытесняет отпуск - читайте мануал

+(9) а отпуск продлевается

(9) в расчетных документах да, так и есть.
Вопрос про кадровые. Говорю же, не проводится больничный

(8) куда явиться и когда? После окончания больничного у него будет отпуск по его желанию, конечно.

(9) по расчетным документам так, а по кадровым у них введена неявка "отпуск" и сделать с того же дня неявку "больничный" программа не даст. Так что неявка "отпуск" удаляется или переделывается на "больничный".