Ком. интерфейс, рабочий стол
В панель навигации в разделе Важное расположена общая команда "Команда"
по команде вызывается модальная форма для считывания штрихкода, далее поднимается форма обработки.
после закрытия формы этой обработки при выборе команды "Команда" не срабатывает ее обработчик
Срабатывать начинает если заново выбрать рабочий стол(значение разделов)
отчего мб такой эффект и как его поправить?

+0 при наведении мышой на команду она как гиперссылка выделяется, но не работает

Глючок.
Ну а вообще панель навигации не самое удачное место для огорашивания пользователя модальным окном.

(2) ясно, попробую поменять местоположение

перенес в сервис панели действий - нормально отрабатывает

(0)(4) Этой такой фич.
Нельзя командами из панели навигации открывать формы во вспомогательных окнах.