Расчет введен в справочник "Начисления и удержания сотрудника" и действует до неопределенной даты. Как правильно прекратить начисление из справочника?

Правильно: найти документ которым ввели, если поле доступно, то поставить "дату до" прямо там, если не доступно Исправить и поставить "дату до".
Неправильно: включить возможность ручных изменений периодических реквизитов справочника "Начисления и удержания сотрудника" и ввести значение вручную.

можно документом "Временное прекращение действия надбавок и удержаний"

(1) правильно (2)
Т.к. если ошибся в дате, то уже ее не исправишь. А делать исправление - это вообще в корне неверно.
Только "Временное прекращение действия надбавок и удержаний"
Но тут тоже надо быть внимательны - никакого копирования документа, т.к. сотрудника можно выбрать одного, а набдавки, которые прекращаем будут от другого сотрдуника

(1) а чем чревато ввести значение вручную?