Есть правила обмена между двумя одинаковыми конфигурациями.

Переносятся некоторые документы.
С документом переносится номенклатура.
С номенклатурой должны переносятся ее единицы измерения.

Единицы, как подчиненный справочник переносятся (те, которые в документах учавствуют), но при этом в карточке номенклатуры "Единица хранения остатков" и "Единица отчетов" не проставляются.
В файле переноса, причем, поля единиц заполнены, но не загружаются.

Если сделать ПВД на номенклатуру и единицы - все встает красиво.

Решение: в ПКО документа, в табличной части номенклатура должна была стоять выше единиц. И все заработало как надо.

При повторной загрузке заполнятся

Известная штука.Часто на форуме про ед изм вопросы.Тут тоже решение
v8: Конвертация ЕдиницИзмерения

(0)может быть тут Приоритет играет роль.

(3) Не. Приоритеты проверил в первую очередь.

когда перемещаешь по тч то меняется Порядок выполнения

с контрагентами-договорами такая же фигня. владелец должен быть выше в списке чем подчиненный справочник