Делаю поступление Товара1  по Организации1, на следующее число делаю реализацию Товара1 по Организации1. У товара1 в реализации в движениях по регистру "себестоимость" нет суммы.

Галочку в настройках учета надо поставить.

Учетная политика ->Списывать партии при проведении документов. Это если документов в день не очень много и товаров продается не огромное количество. Поставишь галку и все перепроведи

Если же документов много, то в конце дня можно запускать обработку "Проведение по партиям"

Напиши путь к этой галочке, я посмотрю.

Чорт, это в 10.3... В 11 наверное суть такая же, но посмотреть сейчас не на чем.
Сорри за 4 поста

В 10.3 я про это знаю, а вот в 11.0 не могу найти или этого нету.

http://yandex.ru/yandsearch?text=в+УТ11+нет+партий

После поступления товаров и установки цен в разделе "Финансы", "Регламентные документы" нужно ввести документ "Расчет себестоимости товаров"

(8) + еще регламентное задание есть, которое это может автоматом делать

Себестоимость в УТ11 списывается с регистра после расчета себестоимости при закрытии. ДО закрытия туда пишется только количество. Это есть в руководстве пользователя :)
Для того, чтобы узнать себестоимость до закрытия периода надо запустить расчет себестоимости, поставив галочку "Плановая"