Разобрался вроде с проблемой. Я думал что 1С:Предприятие 8 не корректно читает XML-файл, а оказалось что программа, которая формирует его не соблюдает стандарты написания XML-файлов. В частности нужно объявлять внешнюю таблицу стилей с помощью инструкции обработки с адресатом xml-stylesheet (а не xml:stylesheet). Здесь перепутали с XSL-таблицами, которые должны иметь корневой элемент xsl:stylesheet (обратите внимание на двоеточие).
Если кому интересно могут зайти на страничку:
http://www.w3.org/TR/xml-stylesheet/