т.е сделать тоже, что и при нажатии правой кнопкой мыши на объекте метаданных в конфигураторе. Надо найти все объекты, где есть реквизит с типом физ. лица. Можно ли?

в СП глядел?

что-то типа НайтиССылки или ПоискССылок

(2) Имхо имеется ввиду не ссылки на объекты, а ссылки на метаданные.

(0) Только перебор метаданных.

(0) У тебя в заголовке и в посте разные вопросы написаны. То что в посте - ИМХО программно только перебором метаданных.
(2) Это поиск ссылок на конкретные объекты данных. Он другое хочет - поиск нужных метаданных в конфигурации.

тогда тупо метаданные перебрать, тока автор слинял куда-то

только полность автоматизировать не получилось - итератора для метаданных нет :(

(6) как это нет? А чем же мы всё это время пользовались?

(0) http://help1c.com/faq/view/590.html

А как определить, что ЭлементКоллекции это справочник?

Процедура СобратьМетаданные (ТЗИсточника)  Экспорт
   Коллекции = ПолучитьКоллекцииМетаданных ();    
   ТипФизЛица = Тип("СправочникСсылка.ФизическиеЛица");
   МассивМетаданныхПригодныхДляХраненияПД = новый Массив;
   
   Для Каждого ЭлементКоллекции из Коллекции Цикл
       для Каждого ОбъектКоллекции из ЭлементКоллекции Цикл
           РеквизитыОбъектаКоллекции = ОбъектКоллекции.Реквизиты;
           Для Каждого ТекРеквизит из РеквизитыОбъектаКоллекции Цикл
               Если тип(ТекРеквизит.Тип) = ТипФизЛица Тогда    
                   НовСтр = ИсточникиПД.Добавить();
                   НовСтр.РодительОбъектаМетаданных = ЭлементКоллекции;
                   НовСтр.РеквизитОбъектаМетаданных = ТекРеквизит;
                   НовСтр.ОбъектМетаданных = ОбъектКоллекции;
                   
               КонецЕсли;
           КонецЦикла;
       КонецЦикла;    
   КонецЦикла;
КонецПроцедуры

// Локальные и служебные процедуры и функции

Функция ПолучитьКоллекцииМетаданных ()
   Коллекции = Новый Массив;
   Коллекции.Добавить(Метаданные.Справочники);
   Коллекции.Добавить(Метаданные.Документы);
   Коллекции.Добавить(Метаданные.РегистрыСведений);
   Коллекции.Добавить(Метаданные.РегистрыНакопления);
   Коллекции.Добавить(Метаданные.РегистрыБухгалтерии);
   Коллекции.Добавить(Метаданные.РегистрыРасчета);

   Возврат Коллекции;
КонецФункции