Собсно вопрос такой - может ли у одного элемента справочника быть несколько родителей одновременно? Конкретно, например, имею я клиент1 и хочу чтобы он был в папка1 и папка2?

если только папка1 это родитель для папки2

ХАРДЛИНК В в8? по-моему даже если база покоцанная то нельзя.

(1) Но родитель у элемента при этом 1.
(0) Вам нужно отношение многие ко многим реализовать? Наиболее подходящая структура - РС.

(3) РС = Регистр сведений?

Да. Вам классификатор для Номенклатура нужен? Можно попробовать через свойства (собственно это и есть РС).

Мне нужно, чтобы справочник контрагентов немного удобнее стал - когда один элемент может быть в разных группах. В общем, я понял направление - спасибо!

Почему это вдруг "удобнее"?
Когда есть группы "Красные" и "Синие" и группы "Маленькие" и "Большие" - это удобно?
1С в типовых предлагает чтобы в группах был какой-то более основной признак, а второй вынести в свойства и задавать для него значения.

и что мешает нафигачить реквизитов и в форме списка сделать отборы?

смотрите как сделано в зарплатах справочник "сотрудники" - что то типа можно сваять

(8) Видимо хочется, чтобы изменение классификатора делалось из приложения.

(9) ну тогда регистр сведений + переписанная форма списка с группировками по характеристикам

пару лет назад здесь тема "альтернативня иерархия справочника" проскакивала. Не оно?

(6) В простом варианте (ручная классификация контрагентов) это нетрудоемко:
- завести справочник КлассификаторКонтрагентов;
- завести РС принадлежности контрагентов справочнику классификатору. Измерения: ссылка на контрагента, ссылка на классификатор;
- в карточке контрагента предусмотреть редактирование регистра;
- в форме списка справочника классификатора при активизации строки выдавать список контрагентов, принадлежащих элементу справочника. Сделать возможность редактирования РС в этой форме списка;
- подменить стандартную процедуру выбора контрагента (НачалоВыбора) на выбор по классификатору.

(8) посмотрел на справочник "работники" в ЗУПе - там как раз и используют РС для вывода списка. Да это то, что нужно, разве что отбор убого организован - для того, чтобы найти работника, нужно в отборах указать этого работника, а вот его уже в свою очередь, можно найти в стандартном справочнике.

(12) мне не нужен классификатор - нужно просто расширенные возможности иерархии, чтобы один элемент мог находиться в разных группах - для этого достаточно только два измерения - "контрагент" и "группа". Единственное неудобство - это отборы - приходиться добавлять измерения для каждого элемента отбора: "наименование, инн, кпп"

(11) нашел только одну тему - не оно.

План видов характеристик копай