Какую настройку BIOS лучше выбирать?
Понятно, что в случае IDE Legacy можно не устанавливая драйверы работать с SATA контроллером. Но какие в этом случае недостатки. Не будет использоваться NCQ?

Также будет ограничение по скорости.
Общение с диском будет идти не напрямую, а через преобразование - стандартный драйвер IDE будет посылать команды чипсету, а тот уже команды IDE будет преобразовывать в команды SerialATA и передавать диску.

Главное, чтобы режим DMA использовался - иначе тормоза будут нешуточные, а в случае DMA процессор особо и не заметит, что у него с диском, так как всё будет выполнять контроллер.

(1)Сейчас найти материнскую плату без поддержки DMA и с поддержкой SATA почти невозможно.

Еще тут почитал, что не будет поддержки "горячей замены".

(2) Таки DMA можно выключить или в BIOS-е или в драйвере.
На IDE последних серий тоже была горячая замена.
P.S. только я не очень понимаю, как можно отключить диск от компьютера (с учётом того, что отключение 12 вольт даст скачок питания).

(4)Скачок питания? Из-за чего? Ну было потребление тока 300 мА. Стало 0. Конденсаторы сгладили.

AHCI лучше.

Нашел интересную статью http://acerfans.ru/2008/12/08/tekhnologija-ncq.-stoit-li-vkljuchat-ahci.html.
Получается, что AHCI+NCQ дает прирост производительности до нескольких раз при одновременных множественных обращениях к жесткому диску и включенном кэширование записи.

46726212336257938915436415631004