ВЫБРАТЬ
   Номенклатура.Ссылка КАК Товар,
   Подкатегории.Подкатегория КАК Подкатегория,
   ТемператураХранения.ТемператураХранения
ИЗ
   Справочник.Номенклатура КАК Номенклатура
       ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ (ВЫБРАТЬ
           ЗначенияСвойствОбъектов1.Значение КАК Подкатегория,
           ЗначенияСвойствОбъектов1.Объект КАК Объект
       ИЗ
           РегистрСведений.ЗначенияСвойствОбъектов КАК ЗначенияСвойствОбъектов1
       ГДЕ
           ЗначенияСвойствОбъектов1.Свойство = ЗНАЧЕНИЕ(ПланВидовХарактеристик.СвойстваОбъектов.Подкатегория)
           И ЗначенияСвойствОбъектов1.Объект ССЫЛКА Справочник.Номенклатура) КАК Подкатегории
       ПО Номенклатура.Ссылка = Подкатегории.Объект
       ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ (ВЫБРАТЬ
           ЗначенияСвойствОбъектов2.Значение КАК ТемператураХранения,
           ЗначенияСвойствОбъектов2.Объект КАК Объект
       ИЗ
           РегистрСведений.ЗначенияСвойствОбъектов КАК ЗначенияСвойствОбъектов2
       ГДЕ
           ЗначенияСвойствОбъектов2.Свойство = ЗНАЧЕНИЕ(ПланВидовХарактеристик.СвойстваОбъектов.ТемператураХранения)
           И ЗначенияСвойствОбъектов2.Объект ССЫЛКА Справочник.Номенклатура) КАК ТемператураХранения
       ПО Номенклатура.Ссылка = ТемператураХранения.Объект
ГДЕ
   Номенклатура.ЭтоГруппа = ЛОЖЬ
   И Номенклатура.ПометкаУдаления = ЛОЖЬ

Ошибка:
Неоднозначное поле "ТемператураХранения.Объект"
ПО Номенклатура.Ссылка = ТемператураХранения.Объект

Какое?...Всю ишибку приводи. Оно должно вроде имя поля дать.

Ошибка такая:
Неоднозначное поле "ТемператураХранения.Объект"
ПО Номенклатура.Ссылка = ТемператураХранения.Объект   =)

ТемператураХранения.ТемператураХранения, либо до точки меняй, либо после точки

например таблицу можно назвать ТемпературЫХранения

(2) не дочитал:)
попробуй
ПО Номенклатура.Ссылка = ТемператураХранения.Объект.Ссылка

Может поможет

(3) Блин, точно. Спасибо