Из 1С надо распечатать шаблон Word, который предварительно заполняется значениями из 1С. В шаблоне есть таблица, в которую и попадают эти значения. Некоторые строки этой таблицы при определенных условиях надо скрыть. Подскажите, кто знает, как это можно сделать.

делай 2 шаблона... и при определенных условиях просто заполняй другой без строк которые нужно скрыть

а нельзя как нибудь обратиться к этой таблице в ворде, чтобы ее в 1с обработать?

можно. Особенно, если почитать помощь по Visual Basic, которая есть внтури ворда.