Чем они оличаются?у меня просто есть заполненный справочник контрагентов, а для заказов покупателей ещё нужны и организации

И зачем вам учет?....

На пальцах.
Организации - это ВЫ. Контрагенты - все ТЕ, которые не ВЫ. Понятно?

(2)Образно и ярко, но это схема для простой модели, есть и другие.
Пример: в базе несколько организаций, помимо отношений с контрагентами,
они имеют отношения между собой (купля, продажа, услуги  и т.д.).

От этого модель не меняеться

Что за сумасшедший Ас... появился?
Все ветки загадил.