Есть такая ситуация, когда счет выставляется после того как произошла оплата от клиента...

При проведении оплаты измерения в регистре заносятся пустыми, после чего выставляется счет, при проведении счета, смотрится если есть предоплата по этому клиенту, тогда эти пусты измерения сторнитуются (т.е. Приход с минусом), и делается расход на сумму сторнирования по измерениям занесенными в счете...

Хотелось бы спросить, нужно ли переделывать это, типо, сторнирование из Прихода с минусом в Расход... или разницы никакой?

Приход с минусом в качестве сторно - нормально.

(1) Спасибо