Т.е. надо что бы элемент справочника "Хранилище дополнительной информации" остался, а вот картинку из него удалить.

Присвоить пустое значение наверно

(1)+ а точнее "Неопределено"

ЭлементХранилища.Хранилище = Новый ХранилищеЗначения(Неопределено);


т.е. так?

вопрос:
а куда девается само значение хранилища в этом случае.

т.е. по аналогии с реквизитом с типом "Справочник ссылка"

если реквизиту я присвою "Неопределено" это еще не значит что и элемент на который ссылается этот реквизит будет удален.

С хранилищем по другому?

ЭлементХранилища.Хранилище = Неопределено;

(5)+ старый обьект разрушаеться системой

(6) собственно это довольно просто понять:
хранилище хранит ОБЬЕКТ (приметиные типы помещаеться тоже в обьекты) и при перезаписи для старого обьекта вызываеться его деструктор (обьектная модель в действии)

тоесть твой
"ЭлементХранилища.Хранилище"  являеться наследником "ОбьектКоторыйВХранилище"