Например, нужно в модули всех документов конфигурации вставить одну процедуру. Существует ли какая-нибудь обработка текстов модулей конфигурации для таких целей?

Книга знаний: Обновление всех модулей документов, справочников, отчетов и обработок без обновления конфигурации.

(0) Штатно вроде бы никак. Воспользуйся макросописалками типа Tasker или AutoIt

Выгрузить все модули в файлы в конфигураторе через Конфигурация - "Выгрузить файлы конфигурации..." или через командную строку запуская 1Ску с ключиком /DumpConfigFiles, а загрузить /LoadConfigFiles

Ну и файлы на диске обработать не сложно НайтиФайлы и т.д., вообще смотри обработку ЗаменаВызововМетодовОбщихМодулей

(0) Тут один бредогенератор (Гений 1С) выкладывал что-то подобное. Поройся в книге знаний.

(4) ЗаменаВызововМетодовОбщихМодулей вроде как для 8.1? Написать обработку файлов на диске - не сложно. Но ленивый я :) Надеялся, что за меня уже кто-то пошевелил пальцами... :)

(6) 1С уже написали, немного изменить код, он не завист от 1Ски

http://infostart.ru/projects/993/

А о том, о чем мечтали здесь: Книга знаний: v8: Полный парсинг для глобальной обработки событий (ГОС) еще никто не реализовал?

Смотри (8). Это все что есть.
А вообще, на регулярных выражениях довольно легко это сделать.
Остается лишь написать приличные правила Replace для RegExp.
У меня есть опыт решения последней задачи применительно к конструкциям внутреннего языка 1с, но нет пока времени на разработку парсера. Но надежда на его реализацию как всегда при мне.

Суть можно свести к написанию движка, сводящего к минимуму кодирование регулярных выражений. Грубо говоря, например правило замены "вставить во всех файлах Справочник* после последней (процедура|функция) мой блок". Ну и сохранение и загрузку набора таких правил.

(10) На счет легко - только в рамках упрощенного разбора текста (типа произвольное количество вложенных скобок не будет корректно обрабатываться таким парсером)

(11) Та я тоже знаю как это сделать. Только тоже нет времени. Надеялся, что кто-то уже сделал - так я бы взял попользоваться за вознаграждение :) Видимо придется самому писать...