Столкнулся с такой проблемой, вообщем с текстового файла считываю данные и заношу в справочник (данные: Номер тел), часто номера дублируются, хотелось бы контролировать уникальность на этапе записи, дабы в справочнике хранились только уникальные номера

Отбор по реквизиту

это как?

да сделай этот реквизит кодом (строка) поставь уникальность, и попытку на метод Записать()

(2)
НайтиПоРеквизиту(<?>,,);
Синтаксис:
НайтиПоРеквизиту(<ИмяРеквизита>,<Значение>,<ФлагГлобальногоПоиска>)
Назначение:
Найти элемент справочника по значению реквизита.
Возвращает: 1 - если действие выполнено;
0 - если действие не выполнено (элемент не найден).
Параметры:
<ИмяРеквизита> - строка с наименованием реквизита;
<Значение> - значение реквизита для поиска;
<ФлагГлобальногоПоиска> - флаг поиска:
 0 - поиск выполняется в пределах подчинения справочника,
 1 - поиск выполняется по всему справочнику.
Замечание:
Метод можно использовать только для реквизитов с установленным признаком ''Сортировка''.
Метод  можно использовать только для объектов, созданных функцией СоздатьОбъект.

(1)Сортировки достаточно :)

Или, перед считыванием данных попытайся спозиционировать справочник по коду / наименованию / реквизиту. Если спозиционировали - меняем текущую запись, нет - создаем новую.

а еще по этой же теме...есть справочник с Дублями  есть какой нить изящный способ от них избавиться?

(7). Дубли чем характеризуются, одинаковым наименованием?

дубли характеризуются реквизитом Номер

(9). Посмотри в Поиске, много тем было про удаление дублей номенклатуры, способов куча.

(5) лишний отбор по реквизиту - это не дорого по сравнению с лишенй сортировкой

(10)+ Вот, например:
Как максимально быстро программно найти в справочнике дублирующиеся товары?

(10)++ И вот еще:
v7: Цикл поиска повторений