Чем отличаются (в смысле их первоначального назначения) папки:
%userprofile%\Application Data
%userprofile%\Local Settings\Application Data
Хочу хранить данные для своего приложения, вот и возник вопрос, где хранить.

в папке приложения

(1) в %ProgramFiles%?
Не покатит. Там данные будут в т.ч. и временные и большые.
Нафига папку приложения захламлять?

приложение в первой, а данные его во второй
а еще и папка виндуз своя есть

(3) Понял :) Логично ;)
Спасибо.