Должна ли такая запись попадать в отчет?

Никто не знает.

Все зависит от того по каким параметрам ведется сверка. Если полная - ДА, если с кредитором тоже, если как с поставщиком, то НЕТ. Короче задача определяет отбор проводок.

(2)Расчеты как с поставщиком. А почему тогда попадает?

И как  это исправить, но чтобы грамотно, чтобы один раз и надолго и при этом не задеть другие проводки.

Отчет перепиши как следует или сделай возможность настраивать отбор по счетам.

(5)Допустим я добавлю условие, что типа если Д66.6 К62.2, то проводка не формируется. Это будет правильным исправлением?

нет....

(7)почему?

Ап

ГДе все ?

Ладно, сделал как умел. Если что будет не так бухи сообщат.