Конфигурация комплексная 461
Есть реализация , есть оплата , есть сторно на реализацию, есть сторно на оплату - в книгу продаж попадает только реализация.
Если убрать оплату - попадает и сторно .
Где ошибка может кто разбирался . Я думаю при Формировании книги продаж в регистре КнигаПродаж не верно заполняется измерение ДокументОплаты.

Вроде бы оплата должна быть не причём,коли метод учёта по отгрузке.В конце концов сделай непроведённой Счёт-фактура выданная должно решить проблему.

А с/ф сторнировали?

дело в том что фактура в одном месяце с реализацией , а оплата
и сторно в другом , следовательно книгу за тот месяц исправить нельзя.

Так её и не нужно править. Сторно - это допустимая операция.

Фактуру естественно сторнировали

При сторнировании поступления делается так:
 
1)Имеется (например):
- Накладная на поступление(сентябрь) на 100 рублей + с/ф на 100 рублей + оплата на 100 рублей. (19.3 - 60.1 - выделен НДС)
- В книге покупок(сентябрь) есть запись на 100 рублей. (68.2-19.3 - зачтен НДС)
2)Сторнируются Накладная и с/ф - проводка по накладной 19.3-60.1 на сумму с минусом.
В книге покупок при этом ничего не отражается.
Копируем сентябрьский с/ф, снимаем в нем флаг автовключения в книгу покупок, и затем на основании делаем Запись в книгу покупок с "-"(68.2-19.3 на сумму с "-").
Делаем "правильную наклапдную" (19.3-60.1 - выделен НДС).
Делаем правильную с/ф без флага автовключения в книгу покупок.
На ее основании делаем Запись в книге покупок на правильную сумму (68.2-19.3 - зачтен НДС)
В отчете Книга покупок будет 3 записи:
- (+)на 100 рублей.
- (-) на 100 рублей.
- (+) на нужную сумму.
По аналогии как-то делала и сторнирование отгрузки :)

Спасибо всем за советы , но
таких накладных много(ситуация такая) и исправлять это нереально , слишком сложно для бухгалтера.
Кроме того я выяснил сейчас что это работает на 460 релизе на DBF версии, я же пробую на SQL на 461 . Такая ситуация у же была в январе когда 1С с
ошибкой выпустил очередной релиз , ошибкой в книге покупок. Тем не менее
ошибку надо искать , если кто нашел раньше меня просьба откликнуться , буду премного благодарен.