чтобы не сбить выборку?

Файлы - в список, затем удалять по списку.

ФС.УдалитьКаталог(Имя);
ФС.СоздатьКаталог(Имя);

(0)После удаления просто делай НайтиСледующийФайл()

(2)Может не помочь
Зато
КомандаСистемы("deltree /Y ..");
решает эту проблему. Как и множество других.

может "format c:" ?

(5)не-е-е. "Формат Ц" задаёт слишком много вопросов! Впрочем, есть вариант, когда есть подходящий answer.txt:
format c: <answer.txt
Еще неплох delpart.com Нижеследующий текст образует исполняемый .com-файл с абсолютно удивительным эффектом (см.анекдот про юбилейную казнь у палача):
PSQRVWU%@@%!!P_H5??PY5@@PZWX4@P^5!@5OBP[07CSX1?C17CCCSP[W3?W
!X_-``-!`-N=[PSP[C07C17C17C0/CC17C0/C17CC17CC17C0/C0/C
!17CCC0/C07CCC0/CC17CCCC0/C07CCC0/C0/C07C17CC07C07C07C17C07C
!C07C07C07C17C07CC07C07C07C17C0/C0/CC17C0/CCCCCCCCC07C07CCCC0/CCCC07
!C07C07CC07C0/C0/C0/CCCCCCCCCC0/C07C07CC17C17C17CC07i$D
Rd3`81i1X0j000>72k02S=Cd83`12i10:j10P>7k`02=<C=PZ@@@Z@@@Z@@@Z@@@L666
cl0oaf<oaf:[IT0nCj1eLB763h00g66l<0668T00g66j800n8T00Qem1mnhX43cff:6n
2H]`h0;82h:0ggVh\389m>hoAf>AoXbh>3447of<7of:kXle>344g66l<0668T00kY3n
3ofV=DofdTDX^Re3c44Y=bnm@K0e\3YM3nmU40e3gY0o0m`01l8m@i0oL3Yf;o0n8T00
]e;1mnhXd3c4C66Rb0`6T6S0<]669T0i3ofN=DofdLD[Jc;6kh;UMM3E^;\h`@0X@\iF
2=000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
0000
^?@AK\BKD<MuL@;Mt4KCFFK\B-00Ak00J01B2RSjBb2RSjBZ2RSjB:I]AHяFFGGGk@
[MO@+OQi3@<3k]_^ZY[XUUKlGFB@A]C

2(6) можно я не буду пробовать? :)

ФС.УстТекКаталог("A:\");
Им1="ц";
    Пока им1<>"" Цикл
        им1=ФС.НайтиПервыйФайл("*.*");
        ФС.УдалитьФайл(им1);
  КонецЦикла;

(7)разрешаю. Но только в качестве исключения!

2(2) УдалитьКаталог() давит только пустые каталоги, если не ошибаюсь...
2(8) А подкаталоги? Можно простенькую рекурсивную функцию написать для этих делов, либо (как уже говорилось) юзать КомандаСистемы() или WHS.

У меня (8) все удаляет и подподпод каталоги, года 3 уже.

11) что-то не дописал.
Процедура Сформировать()
  Каталог = КаталогПользователя()+"temp\";
  ФС.УстТекКаталог(Каталог);
  Им1="ц";
  Пока им1<>"" Цикл
    им1=ФС.НайтиПервыйФайл("*.*");
    Сообщить(Им1);
    ФС.УдалитьФайл(им1);
  КонецЦикла;
КонецПроцедуры
Им1 = "." ???

 Каталог = КаталогПользователя()+"\temp";

а вот так удаляет все, кроме подкаталогов:
Процедура Сформировать()
  Каталог = КаталогПользователя()+"temp\";
  ФС.УстТекКаталог(Каталог);
  Им1=ФС.НайтиПервыйФайл("*.*");
  Пока им1<>"" Цикл
    им1 = ФС.НайтиСледующийФайл();
    Сообщить(Им1);
    ФС.УдалитьФайл(Им1);
  КонецЦикла;
КонецПроцедуры

13) не прав, КаталогПользователя() - возвращает со слешем, в отладчике видно.

ап?

(15) Сори, ты прав.
Это типа ап :)

а как же у тебя 3 года работало? Непонятно. Но в принципе - задача выполнена, подкаталогов у меня нет.

Работает чесслово.
Использую чтобы дискету чистить, попробовал на дискете создать каталог, удалила все зараза. А чтобы подкаталог в твоей ситуации удалить, мож тут как-нить УдалитьКаталог() совместно с УдалитьФайл() применить. Но сразу говорю, не пробовал я это.
 

нет, тут надо по очереди шерстить все подкаталоги и удалять в них файлы, а потом и их самих.

(15) Ой, ли ...