Можно ли в виде параметра запроса сделать СписокЗначений, а не только одно значение?

Можно.

я вот и делю, но выходит ошибка:

{Документ.КонтрольДебиторскойИкредиторскойЗадолжности.Форма.ФормаДокумента(40)}: Ошибка при вызове метода контекста (Выполнить): {(11, 50)}: Неверные параметры в операции сравнения. Нельзя сравнивать поля
неограниченной длины и поля несовместимых типов.
ДебиторскаяИКредиторскаяЗадолжности.Организация <<?>>= &Организации
   Результат = Запрос.Выполнить();
по причине:
{(11, 50)}: Неверные параметры в операции сравнения. Нельзя сравнивать поля
неограниченной длины и поля несовместимых типов.
ДебиторскаяИКредиторскаяЗадолжности.Организация <<?>>= &Организации

делаю так:

ТекущийПользователь = глТекущийПользователь;
   
   Организации = Новый СписокЗначений;
   
   Запрос = Новый Запрос;
   Запрос.Текст = "ВЫБРАТЬ
   |    ОрганизацииПользователей.Организация Как Организация,
   |    ОрганизацииПользователей.Пользователь
   |ИЗ
   |    РегистрСведений.ОрганизацииПользователей КАК ОрганизацииПользователей
   |ГДЕ
   |    ОрганизацииПользователей.Пользователь = &ТекущийПользователь";
   
   Запрос.УстановитьПараметр("ТекущийПользователь", ТекущийПользователь);
   
   Результат = Запрос.Выполнить();
       
   Таб=Результат.Выгрузить(ОбходРезультатаЗапроса.Прямой);
   Организации.ЗагрузитьЗначения(Таб.ВыгрузитьКолонку("Организация"));
   
   
   Запрос = Новый Запрос;
   Запрос.Текст = "ВЫБРАТЬ
   |    ДебиторскаяИКредиторскаяЗадолжности.Организация как Организация,
   |    ДебиторскаяИКредиторскаяЗадолжности.Контрагент как Контрагент,
   |    ДебиторскаяИКредиторскаяЗадолжности.Счет как Счет,
   |    ДебиторскаяИКредиторскаяЗадолжности.СуммаОстатокДт Как СуммаОстатокДт,
   |    ДебиторскаяИКредиторскаяЗадолжности.СуммаОстатокКт как СуммаОстатокКт,
   |    ДебиторскаяИКредиторскаяЗадолжности.Признак как Признак
   |ИЗ
   |    РегистрСведений.ДебиторскаяИКредиторскаяЗадолжности КАК ДебиторскаяИКредиторскаяЗадолжности
   |ГДЕ
   |    ДебиторскаяИКредиторскаяЗадолжности.Организация = &Организации";
   
   Запрос.УстановитьПараметр("Организации", Организации);
   
   Результат = Запрос.Выполнить();
   Выборка = Результат.Выбрать();

используй вид сравнения "В"

Этот УПП хоть Митичкина читал? Я уже молчу об РТФМ...