Делаю так: заполняю из файла справочник при этом надо чтобы код был с префиксом 52 и длина кода вместе с префиксом 6 символов использую
УстановитьНовыйКод("52"); но выдаёт ошибку что нарушена уникальность кода. Может  у кого есть алгоритм или готовая обработка по изменению кодов справочников.

Код числовой? текстовый?
Что за префикс "52"?

(1)Текстовый. код должен начинатся с 52 т.е.520001 итд

Спр.ПорядокНаименований();
Спр.ИспользоватьРодителя(НужныйРодитель);
Спр.выбратьЭлементы();
Пока Спр.ПолучитьЭлемент()=1 Цикл
Спр.Код="52"+Прав("0000"+Строка(Число(Спр.Код)),4);

Спр.Записать();
КонецЦикла;


Хотя бы так.

2. Попробуй УстановитьНовыйКод("52"+Строка(ну и тут то , что должно быть далее));

(3) Не совсем понял что должно получится
(4) УстановитьНовыйКод(<префикс>) и получится 6 значный префикс а потом сам код?

А ты какой вопрос задавал? Я ведь на него отвечала...

(6)Тоже самое пишет что код не уникальный :(
Процедура Сформировать()
   
   Спр=СоздатьОбъект("Справочник.Материалы");
       Если Спр.НайтиПоНаименованию("Запчасти ОГМ",0,1) = 0 тогда
       Сообщить("Не найден");
       Возврат;
   Иначе
       Род=Спр.ТекущийЭлемент();
   КонецЕсли;

  Спр.ПорядокНаименований();
Спр.ИспользоватьРодителя(Род);
Спр.выбратьЭлементы();
Пока Спр.ПолучитьЭлемент()=1 Цикл
Спр.Код="52"+Прав("0000"+Строка(Число(Спр.Код)),4);

Спр.Записать();
КонецЦикла;
КонецПроцедуры

Спр.Записать();
{C:\DOCUMENTS AND SETTINGS\V\РАБОЧИЙ СТОЛ\ИЗМ КОДОВ.ERT(18)}: Код не уникальный!

Значит, там были элементы с оддинаковым кодом за исключением количества нулей впереди. Попробуй через попытку-исключение обрабатывать ситуацию если с Прав(...,4) не получилось, сделай Прав(...,3).
Или принципиально по-другому попробуй:
инд=0;
Спр.ПорядокНаименований();
Спр.ИспользоватьРодителя(Род);
Спр.выбратьЭлементы();
Пока Спр.ПолучитьЭлемент()=1 Цикл
инд=инд+1;
Спр.Код="52"+Прав("0000"+Строка(инд),4);

Спр.Записать();
КонецЦикла;

Слушай сработало наконец! :) Может подскажешь как потом с уникальностью боротся если вдруг в справочнике найдутся дубли кодов.
Процедура Сформировать()
     
      инд=0;
   Спр=СоздатьОбъект("Справочник.Материалы");
       Если Спр.НайтиПоНаименованию("Запчасти ОГМ",0,1) = 0 тогда
       Сообщить("Не найден");
       Возврат;
   Иначе
       Род=Спр.ТекущийЭлемент();
   КонецЕсли;

  Спр.ПорядокНаименований();
Спр.ИспользоватьРодителя(Род);
Спр.выбратьЭлементы();
Пока Спр.ПолучитьЭлемент()=1 Цикл

инд=инд+1;
Спр.Код="52"+Прав("0000"+Строка(инд),4);

Спр.Записать();
КонецЦикла;
КонецПроцедуры

Да я и сейчас подскажу. Если все сработало, значит нормально с уникальностью. А вот в прошлый раз посылала программа как раз из-за нее проклятой.

Спасибо :)