Первые хранятся в БД, вторые (реквизиты формы) - не хранятся. Реквизиты формы имеют смысл только при создании объекта Форма. Они предназначены для связи экранной формы и элементов формы с объектами из базы данных, а также для других целей.
Реквизиты внешней обработки не хранятся в БД, а имеют смысл как параметры выполнения обработки. Они доступны в модуле объекта и в модуле формы если у формы основной реквизит имеет тип ОбработкаОбъект.
При создании объекта ОбработкаОбъект из другого программного модуля, реквизиты обработки доступны как свойства этого объекта. Реквизиты формы доступны только после получения объекта Форма (метод ПолучитьФорму). Т.е. обработку можно вызывать и выполнять ее процедуры/функции из модуля объекта без создания и уж тем более открытия формы.