По замерам вроде не особо разница

|    РегистрНакопления.Продажи.Обороты(
    |            ,
    |            ,
    |            Регистратор,
    |            ДокументПродажи В
    |                (ВЫБРАТЬ
    |                    Реализации.Реализация
    |                ИЗ
    |                    ВТ_Реализации КАК Реализации)) КАК ПродажиОбороты
    |        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ ВТ_Реализации КАК Реализации
    |        ПО (ВЫБОР
    |                КОГДА ПродажиОбороты.Регистратор ССЫЛКА Документ.РеализацияТоваровУслуг
    |                    ТОГДА Реализации.Реализация = (ВЫРАЗИТЬ(ПродажиОбороты.Регистратор КАК Документ.РеализацияТоваровУслуг))
    |                ИНАЧЕ ЛОЖЬ
    |            КОНЕЦ)
    |        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ ВТ_Реализации КАК Возврат
    |        ПО (ВЫБОР
    |                КОГДА ПродажиОбороты.Регистратор ССЫЛКА Документ.ВозвратТоваровОтПокупателя
    |                    ТОГДА Возврат.Реализация = (ВЫРАЗИТЬ(ВЫРАЗИТЬ(ПродажиОбороты.Регистратор КАК Документ.ВозвратТоваровОтПокупателя).ДокументОснование КАК Документ.РеализацияТоваровУслуг))
    |                ИНАЧЕ ЛОЖЬ
    |            КОНЕЦ)

|    РегистрНакопления.Продажи.Обороты(
    |            ,
    |            ,
    |            Регистратор,
    |            ДокументПродажи В
    |                (ВЫБРАТЬ
    |                    Реализации.Реализация
    |                ИЗ
    |                    ВТ_Реализации КАК Реализации)) КАК ПродажиОбороты
    |        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ ВТ_Реализации КАК Реализации
    |        ПО (Реализации.Реализация = (ВЫРАЗИТЬ(ПродажиОбороты.Регистратор КАК Документ.РеализацияТоваровУслуг)))
    |        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ ВТ_Реализации КАК Возврат
    |        ПО (Возврат.Реализация = (ВЫРАЗИТЬ(ВЫРАЗИТЬ(ПродажиОбороты.Регистратор КАК Документ.ВозвратТоваровОтПокупателя).ДокументОснование КАК Документ.РеализацияТоваровУслуг)))

Есть смысл через Выбор проверять регистратор и дальше не лезть?

Может сделаете замер производительности?

(0) Надо смотреть на тот запрос, что сформирует SQL. А это зависит не только от текста самого запроса.

Сделал. Разницы практически нет.

(5) Тогда выберу второй. Он классичнее. Просто сама идея первого до конца не понятна. Вот возвратов же меньше гораздо. Дешевле проверить на ссылку или соединить с двумя таблицами регистратор?

(7) вполне возможно, что SQL для этих двух вариантов сгенерил два идентичных конечных запроса к базе. и поэтому, действительно, лучше остановиться на запросе с более прозрачной структурой (самому же потом в него придется когда-нибудь лезть).

Вот это
"(ВЫРАЗИТЬ(ПродажиОбороты.Регистратор КАК Документ.РеализацияТоваровУслуг))"
тоже можно убрать до
"ПродажиОбороты.Регистратор"
и
"ВЫРАЗИТЬ(ВЫРАЗИТЬ(ПродажиОбороты.Регистратор КАК Документ.ВозвратТоваровОтПокупателя).ДокументОснование КАК Документ.РеализацияТоваровУслуг)))"
преврати в
"ВЫРАЗИТЬ(ПродажиОбороты.Регистратор КАК Документ.ВозвратТоваровОтПокупателя).ДокументОснование)"

ВЫРАЗИТЬ надо чтоб исключить обращение к лишним таблицам, а  тут идет обращение только к УИД который записан в самом реквизите никакого обращения к таблицам не идет потому ВЫРАЗИТЬ не нужно оно ничего не делает. А вот при обращении к ".ДокументОснование" ВЫРАЗИТЬ нужно.

Потому и эти условия ВЫБОР тоже почти ничего не делают. Мы обращаемся к тому что лежит в поле Регистратор, тип в этом поле тоже есть, потому в первом запросе будут 2 проверки первая на тип вторая на УИД, во втором только одна на УИД. Теоретически второй случай быстрее, но разница совсем минимальная. Никак лишних соединений тут нет ни в первом, ни во втором случае.

(1) Зачем такие сложные конструкции?
Замени ВЫБОР на обычное условие.
Вместо

|ПО (ВЫБОР
|     КОГДА ПродажиОбороты.Регистратор ССЫЛКА Документ.РеализацияТоваровУслуг
|       ТОГДА Реализации.Реализация = (ВЫРАЗИТЬ(ПродажиОбороты.Регистратор КАК Документ.РеализацияТоваровУслуг))
|     ИНАЧЕ ЛОЖЬ
|   КОНЕЦ)

написать:

|ПО ПродажиОбороты.Регистратор ССЫЛКА Документ.РеализацияТоваровУслуг
|   И Реализации.Реализация = ПродажиОбороты.Регистратор


(9, 10) Да, так интересно