Привет!
ут 11 нетиповая, 5-ть прыжков до актуала. Внутри вшито 2 конфигурации поставщика (ут 11 и Интеграция1С).
Думаю:
1. сравнить основную конфу и конфигурацию поставщика УТ11,
2. обновлять конфигурацию 5-ти прыжками на конфигурацию поставщика
3. Руками перенести изменения которые выявил на 1 этапе.

Может есть варик проще?

Лучше пригласить программиста.

(0) варик попроще - "трехстороннее сравнение и объединение" с помощью внешних программ

©пижжено отсюда

https://its.1c.ru/db/edtdoc#content:10237:hdoc:t000237__%D1%81%D1%80%D0%B0%D0%B2%D0%BD%D0%B5%D0%BD%D0%B8%D0%B5-%D0%BE%D0%B1%D1%8A%D0%B5%D0%B4%D0%B8%D0%BD%D0%B5%D0%BD%D0%B8%D0%B5-%D1%81-%D0%BF%D0%BE%D0%BC%D0%BE%D1%89%D1%8C%D1%8E-%D0%B2%D0%BD%D0%B5%D1%88%D0%BD%D0%B8%D1%85-%D0%BF%D1%80%D0%BE%D0%B3%D1%80%D0%B0%D0%BC%D0%BC

тут для EDT, но для обычного пофигуратора те же йайца

Зависит от степени "нетиповости". Сферического коня в вакууме обсуждать так себе идея. Что менялось, что из этого выпадет в "дваждыизмененные"...

(2)

Судя по всему, автор не собирается после накатывания каждого обновления УТ из 5-ти, запускать 1С, ждать обновления данных, обновления данных в фоне, а хочет "быстро" и "экономно".

P.S.
Хорошо если йобнет сразу, плохо, если совсем потом...
Но еще хуже, если повезет. Ибо привычка останется.

(4) ну дык на копии ничем не рискует. затем биороботы должны проверить - кнопочки понажимать потестить

а уже потом и продуктив можно обновить из "хренилища" по результатам тестов и исправлений - финалочка

(5) бэкапы для трусов, настоящие герои пилят на живую...

(0) УТ то какой версии?

(6) настоящие герои удаленщики

(2) Да, с p4merge отлично работает.

(9) они ссанкции наклали под дверь :) но кто ищет, тот найдет