Сразу прошу прощения за скорее всего некорректный заголовок темы.  

Скидка          Статус           СсылкаДок      Проведен
Скидка3%        Действует        Документ1      Да
Скидка5%        НеДействует      Документ1      Да
Скидка4%        Действует        Документ2      Да
null            null             Документ3      Да

Изначально тянем только проведенные документы. Они должны быть только в одном экземпляре, за исключением случаев когда есть несколько ДЕЙСТВУЮЩИХ скидок на один документ. Тогда их может быть несколько. Соответственно, в примере не должна быть строка "Скидка5%        НеДействует      Документ1      Да", так как уже есть запись со статусом Действует по этому документу.  А вот если бы ее не было, тогда должен быть только этот документ1, в одной строке. Так как документ проведен и он должен быть по-любому.

Это левое соединение Документов с регистром Скидки.СрезПоследних

Сделай чтобы в срезе были уникальные записи.

Помести в ВТ и сгруппируй,рассчитав минимум(скидка)

Либо определить отдельно приоритетные скидки и потом их подтянуть (связь саму с собой)

(4) Спасибо, сейчас попробую

Объединение двух запросов по действует + недействует с расчетом приоритета .

Сейчас это проще сделать, так как появилась возможность нумерации строк ВТ

(7) а вот про это мне еще нужно почитать)

АВТОНОМЕРЗАПИСИ()

(0)
1. Соединить по статусу "не действует" и свернуть

док1 не действует 1%

2. Соединить по статусу не действует, но не сворачивать

док1 действует 3%
док1 действует 5%

3. Объединить 1 и 2

док1 действует 3%
док1 действует 5%
док1 не действует 1%

4. Свернуть по док, получить мин(статус)

док1 действует

5. Соединить 4 с 3 по док+статус

док1 действует 3%
док1 действует 5%

(10)
2. Соединить по статусу "действует"

(10) ему нужен как я понял одна ставка % на выходе

Можно два поля сделать и дальше посчитать как  естьnull(ставкадействует, ставканедействует)

(12) Нет. Нужны все действующие ставки или одна недействующая. Хотя, если размер недействующей ставки не важен, тогда вопрос решается элементарным левым соединением.

Тогда раздели на две части: получи одну недействуюущю в одной ВТ и все действующие в другой Вт, и соедини с ними.