если нужно узнать подразделение сотрудника на конкретную дату, я вместо реквизита ТекущееПодразделениеОрганизации должен что анализировать?
РегистрСведений.РаботникиОрганизаций?

да

(0) Да, не забывай про ПодразделениеОрганизацииЗавершения

(2) каков смысл этого ресурса?

(3)Когда сотрудник двигается временно.

ВЫБОР
    КОГДА РаботникиОрганизаций.ПериодЗавершения <= РаботникиПредприятия.Дата
    И РаботникиОрганизаций.ПериодЗавершения <> ДАТАВРЕМЯ(1, 1, 1, 0, 0, 0)
    ТОГДА РаботникиОрганизаций.ПодразделениеОрганизацииЗавершения
ИНАЧЕ РаботникиОрганизаций.ПодразделениеОрганизации
КОНЕЦ

(4) т.е., например, по срезу последних на 01.06.2012 не факт, что ПодразделениеОрганизации будет актуальное подразделение, если сотр двигался временно, я правильно понял?

сделал пока без учёта (4), на исходной базе нет таких случаев, чтобы проверить.

хотелось бы услышать мнение общественности по поводу (4)(5)

(6) Все верно в (4). Даже в типовой есть такая конструкция

ок, ясно. всем спасибо

http://its.1c.ru/db/metod81#content:2910:1

Правда я привык вот так писать почему-то:

КОГДА РаботникиОрганизаций.ПериодЗавершения МЕЖДУ ДАТАВРЕМЯ(1, 1, 1, 0, 0, 1) И РаботникиПредприятия.Дата
ТОГДА РаботникиОрганизаций.ПодразделениеОрганизацииЗавершения
ИНАЧЕ РаботникиОрганизаций.ПодразделениеОрганизации
КОНЕЦ