В общем вышел из положения следующим образом. Примерно прикинул как будет выглядеть отчет с разным количеством колонок на разном масштабе шрифтов. А при формировании делаю так:
Шапка.Область().Шрифт = Новый Шрифт("Arial",10,,,,,МасштабШрифта);
Правда в особо запущенных случаях приходится менять шрифты не на всей области, а в конкретных областях
Шапка.Область(2,2,2,6).Шрифт = Новый Шрифт("Arial",12,Истина,,,,МасштабШрифта);