а может один апачч работать с двумя версиями 1с ?

Если в апаче есть разные процессы то да, если все в одном - то какая версия первой запустится, та и будет работать.

В IIS надо по разным пулам разводить

Так часто бывает, что умышленно ставят несколько апачей, даже если это одна база, чтоб создать несколько потоков обслуживания.
Попробуй их несколько сделать и все.
Там же все равно базы на разных серверах, а значит с разными адресами.
Можно поискать на том же инфостарте как это настраивают - об этом часто пишут и спрашивают.

(0) если надо на одном порту с разными подадресами то можно через nginx и пару апачей

(5)+ nginx принимает на 80 (443) и обратный прокси на пару апачей на других портах, все это может на одном сервере быть

(0) реально что ли апач теперь пишется с двумя "ч"? Это тренд такой?