(
0) "Получается, что во время перепроведении ТА не переносится по документам".
Не получается. Просто оно выполняется в единственной транзакции. И если произошла ошибка - откатывается назад.
Если нужно проводить "подокументно" - нужно собственным кодом. Примерно так :
Докс = СоздатьОбъект("Документ");
Докс.УстановитьФильтр(...);//Проведенные непроведенные ...
Докс.ВыбратьДокументы(начДата, конДата);
Пока Докс.ПолучитьДокумент() = 1 Цикл
Если Докс.Провести() = 0 Тогда
Сообщить("!!! и прочая лабуда за то что не провелось с какого то перепугу");
Прервать;
КонецЕсли;
КонецЦикла;