(
3) ссылки в базе на них. А в некоторых случаях даже сами файлы. Прочесал весь интернет. Нашел только пару идей о том, что это может быть связано с нумератором на сервере. Типа он сбился и дает нескольким файлам один и тот же номер и после какого-либо изменения в базе сервер удаляет файлы с одинаковым номером. Но как устранить подобную проблему нет никакой информации.