А если типо такого:
ТекстЗапроса=
"Период с ДатаНачОбработка по ДатаКонОбработка;
|ОбрабатыватьДокументы Все;
|Сотрудник1 = Документ.ЭДО_Поступление.Сотрудник1;
|Сотрудник2 = Документ.ЭДО_Поступление.Сотрудник2;
|Группировка Документ;";
И в цикле проверять на Сотрудник1 или Сотрудник2 выбран...