Делаю сравнение/объединение конфигурации с файлом - там такая же конфигурация, но в одном общем модуле внесены изменения - разрешено редактирование с сохранением поддержки и изменен текст. При сравнении изменения показываются, при попытке объединить - все нормально и без ошибок, но текст модуля не меняется, и он по-прежнему остается на поддержке без возможности изменения. А при повторном сравнении опять показывает, что есть изменения в текстах модулей.
Хорошо, вручную включаю у модуля возможность изменения с сохранением поддержки - и все ок, в этом случае объединение срабатывает нормально.

Правильно это или нет? То есть при объединении возможность редактирования разве не должна переноситься в рабочую конфигурацию?

Правильно. Не должна. По идее даже флажок не должен ставиться у этого модуля.

Настройки поддержки включая конфигурацию поставщика переносятся только при загрузке конфигурации