Если база не слишком большая :: предложу установить в файловом режиме (это будет монопольное использование базы) и запустить закрытие в нем.
По результатам может какие-то идеи появятся, как с этим бороться.
Или - отделить базу на отдельный сервак, чтоб не было на нем никаких пользователей.
Возможно, что этот глюк лечился бы установкой "одна база на 1 рпхост", но теперь такие настройки не доступны в обычных платформах.
Просто подозреваю, что из-за блокировок не работает не выполняется фоновое задание, устанавливающее блокировку на всю базу. Оно пытается установить, но не может из-за наличия других соединений.