добавить параметр типа ТолькоДублиАвтомобилей (ти Булево) и примерно следующее условие:
ГДЕ
 //... всякие условия ...
И ((НЕ &ТолькоДублиАвтомобилей)
ИЛИ
(1 В
(ВЫБРАТЬ 1
ИЗ Документ.уатПутевойЛист КАК Т
ГДЕ Т.ТранспортноеСредство=уатПутевойЛист.ТранспортноеСредство
И НАЧАЛОПЕРИОДА(Т.ДатаАнализа,ДЕНЬ)=НАЧАЛОПЕРИОДА(уатПутевойЛист.ДатаАнализа,ДЕНЬ)
ИМЕЮЩИЕ КОЛИЧЕСТВО(*)>1)
))