В подписке справочник есть.
Посмотрел как работают другие "нормальные" справочники. Не увидел никакой принципиальной разницы в регистрации удаления и пометки на удаление. После регистрации в списке зарегистрированных у помеченных видно объект, а у удаленных непосредственно - битая ссылка. Это нормально объекта то уже нет.
Но у моего кривого справочника при пометке на удаление в списке виден сам элемент справочника а в файлик обмена идет информация как будто он удален.
<v8:ObjectDeletion>
<v8:Ref xmlns="" xsi:type="CatalogRef.Спецификации">6235e5fb-22e8-11e9-8105-000c29679c3f</v8:Ref>
</v8:ObjectDeletion>
Собственно формирование файла,похоже, идет полностью платформенными методами. Не нашел там перебора и каких-то условий.
Такие дела