Написал
Реализация = Документы.РеализацияТоваровИУслуг.СоздатьДокумент();
и для каждой строки где добавлял номенклатуру в цикле еще добавил
Реализация.Заполнить(Номенклатура);
И кажется заработало, счета начали заполняться..правда непонятно почему теперь документ стал без ндс, хотя вся номенклатура с ндс. Почему то Реквизит ДокументБезНДС стал Истина.