Добрый день!

Подскажите, как правильно сделать?

Выгружаю объект как он есть, а при загрузке хочу проверить, что в найденном объекте конкретный(каждый) реквизит не заполнен и тогда его загружаю, иначе этот реквизит пропускаю

реквизит может быть как примитивный, так и ссылочный.

Т.е.

Вугрузилось ФизЛицо

Иванов Иван Иванович 20.09.2016 даты рождения с ИНН 123456789012
Петр Петрович Ивановов 19.08.1966 даты рождения с ИНН 987654321098

А в Базе приемнике, где ГУИДы совпадают

Иванов Иван 20.09.2016 даты рождения
Петр Петрович Ивановов  ИНН 657489374739


При этом Отчетсво и ИНН первого должны заполниться после обмена
и Дата рождения второго,

а вот ИНН второго Замениться не должен!

В ПКО в обработчике "ПослеЗагрузкиОбъекта", сравнивая реквизиты объекта с реквизитами ссылки на объект.
Увы, волшебной галочки в ПКС на твой случай нет.