Итак... у меня есть контейнеры сертификатов для Cryptopro, есть ли возможность их привести к видам контейнеров которые используются в VIPNET

Надеюсь понятно объяснил...

создай новые ключики и не парься

(1)Как понять создай? Нам их выдаёт ЦентрИнформ

(2) Разные криптопровайдеры - разные форматы хранения. Нет утилит для переноса закрытого ключа сформированного в КриптоПРО в контейнер VipNet.
Для VipNet - необходимо получить новый сертификат